東吳大學哲學系創立於民國69年（1980年）。在當時篳路藍縷的環境中，端木愷校長秉持「無哲學系，不足以成為一完整大學」的理念，以其對大學教育的遠見，創立國內第六個哲學系。此後，在歷任系主任與全體教職員生長期耕耘之下，本系在完整而紮實的哲學教育基礎上持續成長，逐步建立自身的教學與研究特色。民國114年（2025年），東吳哲學迎來創系45週年。45年來，本系不僅持續追求學術創新、教學卓越與特色發展，也重視學生生涯規劃、系友資源連結及學系永續經營，期望在既有基礎上持續發展，成為兼具專業化、多元化與國際化特色的哲學學術重鎮。
草創與奠基
創系之初，由趙玲玲教授擔任首任系主任。在趙主任任內，本系先後延聘劉千美、孫大川兩位專任教師，並禮聘沈清松、項退結、曾春海、姚蒸民、林照田等多位學有專精的學者蒞校開設專業課程，逐步建立本系哲學教育的基礎。
民國77年（1988年），由孫振青教授接任第二任系主任，進一步擴充師資陣容，先後延聘陳錦鴻、莊文瑞、葉海煙、黃筱慧、陳瑤華等五位專任教師，使本系的教學與研究能量更為充實。孫振青主任於民國84年（1995年）1月底屆齡退休，隨後由本校敦聘為研究教授。
民國84年（1995年），陳錦鴻副教授接任第三任系主任，在任期間，本系持續充實專任師資，先後延聘張永儁、李賢中及廖仁義三位教師。其中張永儁教授於94學年度屆齡退休。
碩士班成立與研究能量的拓展
民國87年（1998年）8月，由葉海煙教授擔任第四任系主任，持續推動本系教學與研究發展。本系並於88學年度（1999年）正式成立碩士班，使東吳哲學由大學部教育進一步拓展至研究所層級；至108學年度（2019年），碩士班迎來成立20週年。
隨著碩士班成立，本系得以進一步擴充師資與研究規模。此一時期先後延聘陳瑞麟老師，並於90學年度新增郭梨華、米建國兩位老師，91學年度延聘游淙祺老師，92學年度延聘王志輝老師，逐步充實專任師資陣容。92學年度第二學期，本系敦聘林正弘教授擔任專任客座教授。此外，本校端木愷講座亦先後禮聘哲學界前輩勞思光教授與劉述先教授於碩士班授課，進一步提升本系教學與研究的深度，並發揮學術薪傳的重要作用。
葉海煙主任任內亦成立「中國哲學（外語系列）資料中心」，積極蒐集相關研究資源，充實中國哲學研究的國際化能量，為本系後續研究發展奠定重要基礎。
教學研究平台的建立與中西哲學的多元發展
民國93年（2004年）8月，莊文瑞副教授接任第五任系主任。94學年度，本系敦聘郭博文教授擔任專任客座教授，並延攬彭孟堯教授至本系任教，其後又於95學年度聘請朱建民教授擔任專任客座教授，並新聘沈享民老師為專任教師。
莊文瑞主任任內另一項重要發展，是推動成立「哲學教學研究平台」（哲學中心），透過舉辦各類教學與研究活動，整合並拓展本系學術資源，在既有基礎上進一步發展具有特色的中西哲學教育與專業研究，也為東吳哲學日後的學術發展奠定基礎。
95學年度，彭孟堯教授接任第六任系主任，持續推動系務與學術發展。96學年度，本系獲校方支持，禮聘多位國內重要哲學學者擔任客座講座教授，包括方萬全教授、李明輝教授，以及洪裕宏教授，分別於碩士班或大學部開設課程。同一學年度，本系亦新聘宋灝、蔡政宏兩位老師為專任教師，持續充實不同哲學領域的教學與研究能量。
哲學中心與國際學術交流的深化
97學年度，米建國副教授接任第七任系主任。98學年度，本系申請國科會經費，先後延聘劉昌元教授及馮時教授擔任客座教授，並於第二學期新聘馬愷之為專任助理教授。99學年度再新聘范芯華為專任助理教授，並改聘朱建民教授為本院端木愷講座教授，同時邀請莊錦章教授至本系客座。
米建國主任任內除持續推動系務發展外，也積極規劃東吳哲學中心的永續經營，以哲學系作為中心的學術後盾，並以哲學中心作為系所研究與交流功能的延伸。透過兩者相互支援，進一步朝向專業化、多元化與國際化的發展目標邁進。
100學年度，王志輝副教授接任第八任系主任，本系新聘黃崇修老師為專任助理教授；101學年度第二學期起，改聘方萬全教授為專任客座教授。102學年度，本系獲科技部經費補助，延聘廖名春教授及馮耀明教授擔任專任客座教授，同一學年度第二學期起，並聘請Shane Ryan 擔任博士後研究員，使本系的研究與國際學術交流進一步拓展。
103學年度，米建國教授再度擔任系主任，為本系第九任系主任。本系先後敦聘美國羅格斯大學 Ernest Sosa 教授與邁阿密大學 Michael Slote 教授擔任本校端木愷講座教授，並以科技部經費續聘馮耀明教授為本系客座教授，同時續聘 Shane Ryan擔任博士後研究員；上述三位國外學者於104學年度持續獲聘。105學年度，本校敦聘朱建民教授為東吳大學文理講座教授，本系另以科技部計畫延聘莊錦章教授擔任客座教授。
除了持續延攬國內外學者之外，本系亦積極充實研究資源，獲國科會補助建置以「知識論」為主題的專屬圖書資源，並於本校圖書館設置專庫，相關藏書已超過4,000冊。透過國內外學者的交流、講座與客座教授的延聘、博士後研究人員的加入，以及專業研究資源的建置，本系持續深化與國內外哲學學界的連結，拓展教學與研究的深度及國際視野。
課程改革與跨領域發展
106學年度，王志輝教授接任第十任系主任。朱建民教授改聘為專任客座教授，本系並新聘劉保禧助理教授、蕭銘源助理教授兩位專任專案教師，兩位教師於107學年度順利改聘為專任助理教授。
107學年度，米建國教授接任第十一任系主任，並新聘張峰賓助理教授與林璿之助理教授兩位專任專案教師。在任期間，除持續推動招生、課程外審及系所評鑑等工作外，也積極進行課程改革。自108學年度起，促成「思維方法」成為全校大一共同必修科目，使哲學訓練進一步成為全校學生基礎教育的一環；同時積極規劃「推理」第二專長課程模組，拓展哲學與其他專業領域之間的連結。
110學年度，米建國教授續任第十二任系主任，並進一步推動本系第二個「美學智能」第二專長課程模組。在既有哲學專業教育的基礎上，本系逐步透過第二專長及跨領域課程，將哲學的思辨、推理與美學訓練延伸至更多元的學習與實務領域。
112學年度，由蕭銘源副教授接任系主任，持續推動本系教學、研究、招生與跨領域發展。在既有「推理」與「美學智能」第二專長課程模組的基礎上，本系進一步調整課程結構，強化哲學專業訓練與跨領域學習之間的連結，並逐步擴大學生修習系外課程的彈性，鼓勵學生透過雙主修、輔系、第二專長及跨領域學程等方式拓展多元學習方向，以回應學生未來升學與職涯發展的需求。113學年度，本系新聘陳以森、陳奕融兩位專案教師，持續充實師資陣容；兩位教師於115學年度順利改聘為專任助理教授。
115學年度，蕭銘源副教授續任系主任。本系延續近年課程改革方向，在維持紮實哲學專業教育的同時，持續發展第二專長、跨領域及人工智慧哲學相關課程，並強化哲學教育與當代科技及社會議題之間的連結，使東吳哲學在既有學術傳統的基礎上，進一步拓展哲學教育的當代意義與應用面向。
現況與未來發展
歷經四十餘年的發展，東吳哲學已建立涵蓋不同哲學專業領域的師資陣容。115學年度，本系共有名譽教授1位、特聘教授1位、教授2位、副教授3位及助理教授4位，均具有國內外知名大學博士學位。另有兼任教師15位，包括教授2位、副教授級專業技術人員2位及助理教授11位，主要協助專業選修、第二專長、全校通識課程及全校共同必修「思維方法」等教學工作。
本系長期致力於營造良好的研究環境，並為專任教師提供完善的研究支持。本系教師研究成果豐碩，曾榮獲多項國內重要學術獎項，包括2次國科會傑出研究獎（陳瑞麟、蔡政宏）及2次吳大猷先生紀念獎（蔡政宏、林斯諺），充分展現本系在哲學研究上的學術能量。
在學生培育方面，本系提供完整的哲學專業訓練與升學輔導，學生在研究與學習方面亦有優異表現。近年來，每年均有學生獲國科會「大專學生研究計畫」補助，112學年度榮獲「大專學生研究創作獎」；114學年度，本系學生囊括臺灣哲學學會「南海學士論文獎」所有獎項，充分展現學生在哲學研究與論文寫作方面的能力。此外，本系畢業生亦陸續進入聖母大學、雪城大學、香港中文大學等海內外知名大學哲學研究所繼續深造，反映本系在哲學專業教育、研究能力培養及升學輔導方面的成果。
自民國69年創系以來，東吳哲學從草創時期建立完整的哲學專業教育，歷經碩士班成立、師資與研究能量擴充、哲學中心建置與國際學術交流，逐步走向課程改革與跨領域發展。四十餘年來，本系在歷任師長與教職員生共同努力下，逐步建立自身的教學傳統與學術特色。面對高等教育環境與科技社會的快速變遷，本系在維持紮實哲學專業訓練的同時，也持續思考哲學教育與當代社會及學生未來發展之間的連結，在既有基礎上持續深化教學與研究，拓展跨領域及國際學術交流，朝向專業化、多元化與國際化的方向發展。